El sistema funciona del siguiente modo:
Todos los clientes de Compensa son empresas registradas ó autónomos, nunca particulares; y todos han firmado las Condiciones Generales de Compra-Venta por Intercambio, un documento que estipula las reglas del juego y asegura el buen funcionamiento del sistema.
Así, cuando una empresa cliente de Compensa necesita un bien o un servicio realiza una petición a la bolsa, Compensa entonces se encarga de facilitarle las ofertas de los proveedores en intercambio disponibles para que el cliente pueda seleccionar la que más se adapte a sus intereses.
Es decir, el modelo asume las leyes del mercado y de la competencia, eliminado eso sí, el dinero en efectivo.
Cuando finalmente se decide por una de las ofertas, queda deudora por su valor, hasta que alguna otra empresa demande sus productos o servicios.
Además, es Compensa quien se encarga de mover las cuentas de sus clientes, proponiendo nuevos productos o servicios para intercambiar.
Al adquirir algún bien o servicio en la bolsa, Compensa emite una factura por ese bien o servicio. De este modo la deuda se contrae siempre con Compensa, y no con la empresa vendedora. De la misma forma al vender productos o servicios, se facturará a Compensa para así ir compensando la deuda contraída.
Por eso no es necesario que una empresa compradora pague con sus productos a la vendedora, ya que la deuda se adquiere con Compensa.
Además a través de intercambio multilateral el importe de la venta y la compra no tiene por qué coincidir, de hecho no suele ser así, y tampoco tiene porqué producirse simultáneamente, lo que obliga a que el IVA de las operaciones haya que liquidarlo con dinero, puesto que los impuestos no se pueden pagar en intercambio.
Es decir al vender a través de intercambio, el IVA que se devenga en las operaciones se declara en el modelo de IVA correspondiente, y la liquidación de este impuesto se realizará por tanto en efectivo, por lo que Compensa tiene que pagar también en efectivo este IVA para no incurrir en desfases de tesorería provocados por el pago de impuestos.
De la misma forma al comprar a través de la bolsa también se deberá pagar el IVA en dinero a Compensa, ya que es la que factura los bienes o servicios que se han adquirido en intercambio y la que lo debe abonar al vendedor del producto o servicio según su declaración de iva (mensual o trimestral).